从“东西方教会分裂”到“东罗马帝国亡”（1453年）
修道院革新运动
西方教会的属灵风气低落与道德生活腐败，情势每况愈下，连修道院也因拥有大片地产，世俗的权力斗争介入，而失去原有的清静纯洁。有志之士发出要求彻底改革的呼声。修道团体中率先从事内部改革的，是第十世纪位于法国布根第 Burgundy 由威廉公爵 Duke William 所开办的克吕尼 Cluny 修道院。透过历任院长的敬虔领导，展开了修道院革新运动，要求修士要绝对的贫穷、禁欲、顺服，完全献身修道生活，严禁世俗势力介入修道院的行政管理。“克吕尼革新运动”成为教会在十一世纪的复兴主流，曾统管了两千多所修道院。由于当时教皇制愈趋腐败，受意大利贵族金权政治控制，甚至同时期出现三位教皇争斗。克吕尼运动的改革家在改革修道院成功后，致力于革新教皇制，培育出一系列的改革派教皇 Reformist Popes，从利奥九世 Leo IX （1048-1054）起始，到格列高利七世 Gregory VII （1073-1085）时达至颠峰，他坚持圣职人员禁欲，谴责用金钱买卖圣职。他也禁止君王选立圣职人员或授以印戒与权杖，此举引发了德皇亨利四世 Henry IV 的抗争。此“授职权之争 Investiture Controversy”在继任的教皇与皇帝之间持续下去，到1122年双方才达成协议。
继“克吕尼运动”之后，在十二世纪重振“本笃修道会”严格修道精神的“熙笃修道会 Cistercian Order”大放异彩。在圣伯纳 Bernard of Clairvaux (1090-1153) 的卓越领导下，熙笃会发展迅速，影响甚广。到了十三世纪，又有两个著名的托钵修道会兴起︰“方济会 Franciscans”与“道明会 Dominicans”。方济会是由圣法兰西斯 Francis of Assisi (1181-1226) 创始的，修士过绝对贫穷的生活，个人或团体都不可拥有财产，他们深入民间从事社会救济服务；道明会则由圣多明尼克 Dominic of Guzman (1170-1221) 发起，修士也过贫穷生活，他们献身研究与讲道，旨在保卫信仰，深入民间游走讲道，驳斥异端，他们也是“异端裁判所”的成员。这两个修会注重宣教，发展迅速，后来道明会士在犹太人与回教徒中传福音，而方济会士到衣索匹亚、印度、中国宣教。
教皇制的涨落
教皇的权力自格列高利七世整顿中兴之后，行情日渐上涨，凌驾皇帝君王之上。教皇握有三大法宝︰开除皇帝教籍，查封教会活动，施行异端裁判。教士授职权之争，总的来说，最后还是教皇得胜。到了教皇英诺森三世 Innocent III （1198-1216）时，教皇的权力达至最高峰，宣称教皇是“基督在世上的代理人”，是全世界的统治者。然而，在其后不到百年，教皇的属世权力开始下滑。虽然教皇邦尼费八世 Boniface VIII （1294-1303）宣称顺服教皇是每个人得救的必要条件，且于1302年颁布教谕说教皇有管辖一切受造物之权。但是法王腓力四世 Philip IV 集结势力与之相抗，甚至将其定罪拘禁。虽然不久即蒙友人解救获释，但一个月之后即过世。继任之教皇皆受法王之控制挟持，并且自1309年起至1377年教皇宗座迁居至法国的亚威农 Avignon，史称“被掳到巴比伦”。
接下来的是“大分裂 Great Schism”时期（1378-1417），罗马与亚威农各有教皇分庭抗礼。虽然以往也有许多次教皇双胞或多胞案，但是这回是由同一的红衣主教团经两次选举（法国派的红衣主教们认为第一次选出的意大利人教皇无效）而产生的。整个西方教会看到这两位教皇互相责骂开除教籍，基督教世界分裂成两半︰在罗马的教皇获得意大利北部与中部、德国的大部分、英格兰等地的拥护；在亚威农的教皇则获得法国、苏格兰、西班牙等的支持，真是势均力敌。但在一般大众眼中，教会的合一遭到损害；在他们心里，教皇的形象一落千丈。分析个中原因，不可忽略的是︰各地民族主义兴起，封建诸侯的势力渐消，强有力的国家领袖君王崛起。各国人民对自己国家的情感，胜过对教皇大一统基督教界的效忠。
十字军东征
自1095年起，在教皇领导之下，开始连续约两百年的十字军运动。起因是回教徒土耳其人攻占了耶路撒冷，恶待基督徒，阻挠朝圣客，并且日渐威胁康士坦丁堡。教皇乌尔班二世于1095年发起第一次十字军东征，应许参加“圣战”者可免税、免债、免罪，减免在炼狱的时间。于是群起响应，1096年正式成军出发，1099年夺回了耶路撒冷，与其他三个十字军邦国于巴勒斯坦的地中海沿岸，建立了耶路撒冷王国。当1144年艾狄撒陷落后，情势吃紧，在圣伯纳号召下，1147年发起第二次十字军，由法王与神圣罗马帝国皇帝领军，但徒劳无功。1187年耶路撒冷陷落，皇帝、英王与法王于1189年共同发起第三次十字军，未能光复耶路撒冷。1202年第四次十字军出征，中途却改变计划攻打康士坦丁堡，使得东西双方教会裂痕更深。接续的第五、六、七、八次皆是劳民伤财损兵折将。直到1291年亚割港陷落，十字军完全丧失在巴勒斯坦的据点。十字军运动，就其所宣称的目的而言，是彻底的失败︰妨害了后来向回教徒的宣教工作；更加分裂东西方教会；军队残暴掠劫与不道德的行为留下历史上的污点；加速“赎罪券”制度的引进。
经院哲学的崛起
“经院哲学 Scholasticism”是从学院中发展出的神哲思想系统，使用理性来研究藉启示而来的真理。开路先锋有十一世纪末的安瑟伦 Anselm of Canterbury （约1033-1109），他强调从理性来了解神学的重要；伦巴德 Peter Lombard （约1100-1160）写作系统神学 Sentences 四卷，后来成为中世纪天主教神学的教科书；亚布拉德 Peter Abelard （1079-1142）发展正反辩证法，颇负盛名。正当此时，西方重新寻回亚里斯多德的著作，其理性分析法成为学术研究的主流。道明会修士阿奎纳 Thomas Aquinas （1225-1274）着重知识与理智，将奥古斯丁的神学与亚里斯多德的哲学熔于一炉，写成巨作《神学总论 Summa Theologica》，至此，经院哲学已达至颠峰。与之齐名的是方济会修士邦拿文都瑞 Bonaventure （约1217-1274），他对亚里斯多德的哲学持较保留态度，强调灵修经历与奥秘光照。另一位方济会修士东司哥特 John Duns Scotus （约1265-1308）则注重爱与意志的首要性。然而，俄坎的威廉 William of Occam （约1285-1347）发表其“唯名论 Nominalism”指出︰逻辑推理的有限，常使哲学论据有名无实。此后“经院哲学”日趋没落。
国家主义兴起
1347至1351年欧洲发生黑死病大流行，死亡人数约占总人口的三分之一，并且延续了数百年，带来政治经济的大变动，人心惶惶，面临死亡的威胁；值此乱世，教会内外企求更新复兴，寻找出路。另一方面，中产阶级日渐崛起，他们希望政治稳定与国族合一，就拥护王室，以建立主权国家。因此，封建制度日渐解体，现代国家制度诞生。英格兰与法兰西率先朝此方向开展，其他地区也跟进。国家主义的抬头，不仅敲响了封建制度的丧钟，也破灭了中世纪大一统（一教皇，一皇帝）的美梦。英法“百年战争”实际而言牵连整个欧洲，症结在于国族意志的伸张。
文艺复兴运动
接着“文艺复兴 Renaissance”运动在十五世纪的兴起，在欧洲产生极大的影响。此运动起源于意大利，掀起对古典文学艺术哲学的复兴热潮。这也是对中世纪修道主义禁欲生活的一股反动势力，强调人生的美妙乐趣，人体构造之美，以及人类心智的能力。因此，文艺复兴时期的教皇与早先修道改革时期的教皇所追求的，相比之下真是天壤之别。他们的目的是要享受人生，将罗马变成全世界的文艺与知识中心，以及统一意大利的政治首都。所以，他们大兴土木广纳财源，借机敛财，贪污剥削，发售赎罪券；也参与政治斗争及军事讨伐。马丁路德的宗教改革就是在这样的教皇（利奥十世）任内发起的。然而，在他之前就已有改教的先锋，揭竿起义呼吁改革。
宗教改革的先锋
威克理夫 John Wycliffe （约1330-1384）是牛津的神学教授，著书立说，声称教皇并无最高权柄，圣经才是教义的唯一准绳。他主张将圣经翻译成人民的母语，也反对“圣餐化质说”。因此，遭教会定罪，失去牛津大学教职，退隐乡间。此后，他将圣经翻译成英文，影响深远。约翰胡司 John Huss （约1372-1415）是捷克的改革者，布拉格著名的讲道家，也在布拉格大学任教。他受到威克理夫著作的影响，同样强调圣经是最高权威，要照着圣经来改革教会的腐败。因此，被教皇开除教籍，逃难乡间，写成其『教会论』。1415年赴康士坦会议申诉，但遭定罪下狱，火刑殉道。然而在捷克人民心中，他是民族英雄，其跟随者组成抗议派，持续其信念。撒沃那柔拉 Savonarola （1452-1498）是意大利弗罗伦斯的道德改革者，指陈教皇教廷与社会的腐败，后遭教皇定为异端，开除教籍，后遭绞刑火焚而死。其道德勇气影响了后来的改教家。
东罗马帝国的灭亡
由于土耳其回教势力不断的扩张，东罗马帝国的版图日益缩减，到后来只剩下康士坦丁堡，当土耳其人于1453年攻陷此最后据点，东罗马帝国就寿终正寝了。此后，东方教会的领导中心就转移至俄罗斯的莫斯科。康士坦丁堡陷落，也促使许多学者携带重要古卷逃至西方，助长了文艺复兴运动，孕育了人文主义的兴起，间接影响十六世纪惊天动地的宗教改革运动。
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